Surveillance et gestion intégrée de la résistance aux anthelminthiques en élevages de petits ruminants

Cette thèse porte sur la gestion durable des strongles gastro-intestinaux (SGI) chez les petits ruminants dans un contexte de résistances croissantes aux anthelminthiques (AH), aujourd'hui largement répandues en France et pouvant mener à une impasse thérapeutique. L'usage systématique des AH a en effet favorisé la sélection de souches résistantes, tandis que les outils diagnostiques de la résistance (ex : TREF) restent peu utilisés. Le projet vise à développer une approche intégrée reposant sur trois piliers : (axe 1) la détection fine des résistances grâce au TREF, au némabiome, au séquençage de la béta-tubuline et au test ALMA dans 60 élevages de petits ruminants ; (axe 2) l'identification des facteurs de risque, dont celui de l'impact des traitements de rentrée en bâtiment sur le développement des résistances, et (axe 3) la mise en place de stratégies de gestion intégrée de la résistance adaptées à chaque élevage. La thèse proposera des alternatives durables conciliant efficacité sanitaire, réduction de l'usage des AH, maintien du pâturage et préservation des services écosystémiques. Bénéficiant des projets PRESERVE et HARIZONA, elle produira des données inédites et contribuera à la transition des élevages vers une gestion raisonnée et résiliente du parasitisme par une valorisation tournée autant sur la recherche scientifique que sur les acteurs du terrain. École doctorale : E2M2 - Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation Direction : Gilles BOURGOIN Financement : Enseignement supérieur