Analyse génétique et bioinformatique de populations de ray-grass adventices dans les parcelles cultivées en France

Le poste est à pourvoir au sein de l’UMR Agroécologie à Dijon mais sera également en interaction étroite avec l'unité de recherche P3F (INRAE Poitou-Charente) implantée à Lusignan dans le Centre Nouvelle-Aquitaine-Poitiers.  L'UMR Agroécologie regroupe 350 permanents et contractuels pour comprendre comment parvenir à des systèmes de culture économiquement et écologiquement durables et regroupe un grand nombre de compétences allant de la microbiologie des sols à l’agronomie en passant par la génétique et l’écologie des communautés.La mission de l’UR P3F est de produire des connaissances en écophysiologie (département AgroEcoSystem) et en amélioration des plantes (département Biologie et Amélioration des Plantes) pour améliorer la durabilité des prairies semées. Productivité et qualité du fourrage, économie en intrants, respect de l'environnement, adaptation aux changements climatiques sont les grands enjeux de nos travaux.  Il est prévu que la personne recrutée visite régulièrement pendant une à deux semaines l’unité INRAE de Poitou-Charente dans l’unité de recherche P3F. Le poste proposé est destiné à soutenir des travaux de recherche sur la structure génétique des populations de ray-grass adventices en relation avec les pratiques culturales dans les systèmes de culture à l’échelle de la France.  Le poste est proposé dans le cadre du projet de recherche PARAD, financé par le ministère de l’Agriculture (programme PARSADA), qui vise à anticiper et accompagner la transition vers une agriculture moins dépendante de la lutte chimique contre les espèces adventices des cultures. Plus particulièrement, les missions s’inscriront dans le travail du WP1 qui vise à mieux comprendre les changements biologiques observés sur le terrain pour certains groupes d’espèces adventices, par une meilleure caractérisation de certains traits biologiques (valeur moyenne, variabilité) en lien avec des pratiques culturales non-chimiques de gestion des adventices. La tâche 1 étudie plus spécifiquement le cas du ray-grass et son caractère pérennisant.  Contexte et objectifs : Les objectifs du projet PARAD sont : d’acquérir ou de combler des connaissances lacunaires sur les caractéristiques biologiques particulières responsables des échecs de pratique (WP1) de quantifier les leviers agroécologiques existants (WP2) de mobiliser de l’innovation technologique afin de mieux détecter, identifier et gérer les adventices (WP3) de fournir une évaluation malherbologique et multicritères de combinaison de pratiques destinées à contrôler les populations adventices (WP4) de concevoir de manière collective (agriculteurs et différents acteurs territoriaux) des nouvelles solutions systémiques (WP5) L’activité de la personne recrutée se situera au sein du WP1 du projet (tâche 1.1a) Variation du caractère « vivace » du groupe des ray-grass (Lolium sp.) et conséquences sur la gestion du taxon qui a pour objectifs : d’acquérir une meilleure compréhension de la variabilité des populations de ray-grass adventices à l’échelle du territoire français sur un échantillon exhaustif de près de 500 populations, de déterminer le statut de résistance à différentes familles d’herbicides largement utilisés en grandes cultures, d’identifier les caractéristiques biologiques faisant des ray-grass un groupe particulièrement problématique au sein d’un nombre croissant de systèmes de cultures. Les activités et les tâches consisteront à : Obtenir le génotypage par séquençage (GBS : représentation réduite du génome) via l’utilisation d’un pipeline bio-informatique développé au sein de l’unité. Analyser la structure génétique des populations de ray-grass adventices à l’échelle de la France à l’aide des marqueurs moléculaires.  Déterminer si la diversité morphologique observée des ray-grass adventices est expliquée par de la plasticité phénotypique ou de l’adaptation locale au sein d’une seule espèce ou bien résulte d’hybridations récurrentes entre différentes espèces du genre Lolium. Retrouver la ou les origines géographiques des populations adventices en comparaisons avec la diversité sauvage ou cultivée déjà connue.  Mettre en relation la structure génétique au sein des populations de ray-grass adventices avec des pratiques culturales ou des grands gradients environnementaux ou climatique et possiblement d’identifier des zones génomiques portant les signatures de l’adaptation. Votre formation et/ou votre expérience vous auront permis d'acquérir une solide connaissance en programmation (R et/ou Python, bash, etc.) ainsi qu’en génétique des populations et/ou quantitative. Vous devez être capable de communiquer en interne et en externe en français et en anglais. Le poste requiert d'excellentes aptitudes relationnelles et la capacité de travailler en équipe.