Intérêt d’une combinaison des données phénotypiques enregistrées chez des mâles et des femelles pour évaluer leurs aptitudes bouchères

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe SESAME au sein de l’unité mixte de recherche GenPhyse, dont les recherches visent à contribuer à la transition agroécologique des systèmes d'élevage par une meilleure compréhension de la biologie des animaux d'élevage, du déterminisme génétique des caractères et des stratégies de sélection de populations animales résilientes. L'unité réunit des compétences en biologie, physiologie, génomique, génétique, statistiques et bioinformatique. Au sein de cette unité, vous rejoindrez l'équipe Stratégies Génétiques pour la Multi-performance des Systèmes d'Elevage, qui modélise et conçoit de nouvelles stratégies de sélection pour des petits ruminants, porcs et lapins adaptés au changement global. Contexte scientifique Durant ce stage, vous étudierez l’intérêt de combiner différentes sources de données phénotypiques afin d’améliorer la précision des évaluations génomiques des aptitudes bouchères dans une population ovine allaitante. Dans le programme de sélection ovin viande Ovi-Test, les mâles élites sont évalués sur la base des aptitudes maternelles et bouchères de leurs filles procréées, par insémination animale, chez les élevages de la base de sélection. Ces mâles sont préalablement évalués sur leurs aptitudes bouchères, à l’âge de 3 mois, sur performances propres. Ainsi ce sont un peu plus de 150 mâles et 1200 femelles dont les aptitudes bouchères sont contrôlées chaque année. Tous les candidats mâles et les agnelles de renouvellement sont génotypés sur puce SNP moyenne densité. L’ensemble de ces individus constitue donc une population de référence pour l’évaluation génomique des aptitudes bouchères. Objectifs L’objectif du stage est d’évaluer la faisabilité et l’intérêt de combiner ces deux sources d’information (phénotypes mâles et phénotypes femelles) pour l’évaluation génomique des aptitudes bouchères de la population ovin viande Ovi-Test. Ces travaux sont prévus dans le cadre du projet GSMINT. Vous serez plus particulièrement en charge de répondre à deux objectifs : 1 - Estimer la corrélation génétique entre les aptitudes mesurées sur performances propres des mâles et celles mesurées sur performances propres des femelles. 2 - Valider la précision de l’évaluation génomique par la méthode LR (Legarra & Reverter, 2018). Méthodes Ces analyses, basées sur l’utilisation de logiciels d’évaluation génétique, intègreront des données de pedigree, des mesures phénotypiques et des génotypages issus de puces moyenne densité (environ 50,000 marqueurs SNPs). Enjeux Ces résultats permettront d’optimiser la gestion génétique et la sélection des aptitudes bouchères de la population Ovi-Test. Les conditions d’applications aux autres populations ovines allaitantes pourront être évaluées. Acquisition de compétences Le stage permettra d’acquérir des compétences en gestion, traitement et analyse de données pedigree, en analyse génomique, ainsi qu’en utilisation d’un logiciel d’estimation génétique. Le/la stagiaire développera également son autonomie dans la conduite d’analyses, l’interprétation des résultats et leur présentation. Ces compétences sont directement transférables aux domaines de la génétique, génomique et analyse de données. Ces compétences pourront notamment être valorisées dans le cadre d’une poursuite en thèse.