Stage en développement Full-Stack et gestion de données pour la recherche en pathologie végétale

L’Unité Pathologie Végétale (PV) d’INRAE développe et maintient PathoBase, un Système d’Information (SI) dédié à la gestion des données biologiques et expérimentales (échantillons, souches, diagnostics, séquences nucléotidiques, etc.).  Les projets de l'Unité Pathologie Végétale (PV) portent principalement sur l'étude des maladies bactériennes, fongiques et virales affectant les fruits et légumes du bassin méditerranéen. Ces travaux visent à comprendre les interactions entre microorganismes pathogènes, plantes hôtes, environnement et pratiques agricoles PathoBase joue un rôle central dans ces projets en assurant notamment : La traçabilité des échantillons (origine, conditions de prélèvement, stockage) La gestion des données expérimentales (diagnostics, séquences nucléotidiques, résultats d'analyses) La centralisation et le partage des données entre chercheurs PathoBase s'appuie sur les technologies suivantes :  Back-end (API) : Python (FastAPI) Front-end (Interface Web) : TypeScript (React) Base de données : PostgreSQL Stockage de fichiers : Stockage capacitif (bucket S3) Déploiement : Docker Compose Traitement asynchrone : Celery et RabbitMQ PathoBase est toujours en cours de modernisation et des nouvelles fonctionnalités sont développées en continu afin d’adapter le SI aux besoins de chercheurs et des projets de recherche. Dans le cadre de son évolution, nous proposons une offre de stage pour contribuer à son amélioration à divers niveaux : programmation, fonctionnalités, base de données, déploiement. Missions proposées La personne en stage participera activement aux missions suivantes, en fonction de ses appétences et des priorités identifiées : 1. Développement et optimisation du SI PathoBase Contribuer à l’évolution de l’application :Développement de nouvelles fonctionnalités (front-end et back-end) en réponse aux besoins des projets et des utilisateurs (chercheurs, techniciens) Correction de bugs et amélioration de l’expérience utilisateur Gestion des données :Intégration de flux de données externes (ex : données liées à des prélèvements terrain) Création de rapports et de vues en base de données pour la présentation des données 2. Documentation et formation Rédaction de la documentation technique et fonctionnelleFormations utilisateurs Transfert de l'outil vers d'autres unités de recherche 3. Sujets de modernisation du SI à plus long terme Infrastructure et DevOps :Amélioration du pipeline d'intégration continue (CI/CD Gitlab) Mise en place de tests unitaires, d'intégration et end-to-end Réflexion autour du déploiement et d'une gestion plus robuste des conteneurs Sécurité et accessibilité :Mise en place d'une fédération d'identité Amélioration de la gestion des droits Amélioration de l'accessibilité de l'interface web Gestion des données :Réflexion autour d'une évolution du schéma de base de données Conception d'un pipeline de données pour automatiser l'intégration et la reprise de données historiques, en garantissant leur cohérence Travail en suivant les bonnes pratiques de gestion et de qualité logicielle : branches Git, revue de code et tests fonctionnels en environnement de recette. Possibilité de participer ponctuellement à des sorties terrain de récolte d'échantillon et de données en fonction des besoins des projets et des appétences de la personne (1 à 2 fois pendant le stage).