Stage Master 2 : Interactions moléculaires plantes – virus

Les phytovirus représentent une menace majeure en agriculture. Ils provoquent, entre autres, des baisses de rendements, et ils impactent également la qualité des productions. On estime qu’environ 75 % des virus végétaux sont transmis par des insectes, parmi lesquels les pucerons occupent une place majeure. Afin d’accroître leurs probabilités d’acquisition par l’insecte vecteur, et de transmission à une plante hôte, les phytovirus ont développé des mécanismes de « Manipulation » qui modifient le phénotype de l’hôte ou de l’insecte vecteur afin de favoriser la transmission des virus. Les mécanismes moléculaires sous-jacents sont largement inconnus. Le projet ANR JCJC PHENOMANI vise (i) à identifier les mécanismes moléculaires par lesquels les virus de plantes modifient les phénotypes de leurs plantes hôtes et le comportement de leurs vecteurs, et (ii) à comprendre leur contribution à la transmission virale. Le projet repose sur l’exploitation de la diversité génétique naturelle d’Arabidopsis thaliana, combinée à un phénotypage à haut débit (vidéo-tracking) du comportement du puceron Myzus persicae vecteur de nombreux virus, dont les virus de la jaunisse ou de la mosaïque du navet et celui de la mosaïque du chou-fleur qui font l’objet de cette étude. Les études comportementales du puceron sur cette collection de plusieurs centaines d’accessions d’A. thaliana, combinées à des analyses génétiques d’association à l’échelle du génome (GWAS), permettent d’identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la manipulation de la plante hôte.  Vous contribuerez à la validation fonctionnelle des gènes candidats en développant des approches de biologie moléculaire. Vous travaillerez en étroite collaboration avec le doctorant impliqué dans le projet et ayant conduit les études comportementales et l’identification des gènes candidats, ainsi qu’avec l’ingénieure d’étude de l’équipe, et l’ensemble des membres de l’équipe Virologie et Vection de l’unité SVQV. Vous serez plus particulièrement en charge de : - Suivre le comportement des pucerons par vidéo-tracking sur des mutants d’A. thaliana déficients dans des voies de signalisation phytohormonales végétales. Ces premières expérimentations permettront d’évaluer la contribution des défenses végétales sur le comportement du puceron au sein du dispositif expérimental ; - Caractériser des mutants d’Arabidopsis disponibles dans les banques et affectés dans l’expression des gènes candidats par des techniques classiques de biologie moléculaire (PCR, RT-qPCR) ; - Si les mutants d’Arabidopsis ne sont pas disponibles, mettre en œuvre différentes approches permettant de moduler l’expression (sur- ou sous-expression) des gènes candidats par transformation génétique stable ou transitoire d’Arabidopsis, RNA interférence, VIGS…  (clonage dans différents vecteurs d’expression);