Stagiaire en génétique animale et analyse de données omics

Nous recherchons un stagiaire en génétique animale et analyse de données omics pour contribuer à l’étude de données issues d’ovins allaitants afin de mieux comprendre les facteurs génétiques associés à leur efficience alimentaire. Vous serez accueilli(e) au sein du laboratoire de recherche GenPhySE dans l’équipe de génétique quantitative MAGE, spécialisée dans l’étude de la variabilité génétique des caractères d’intérêt en élevage. Le stage vise à déterminer si les caractéristiques du métabolome ruminal peuvent contribuer à prédire l’efficience alimentaire et si elles sont elles-mêmes influencées par la génétique des animaux. Vous contribuerez ainsi à mieux comprendre les liens entre génétique, fonctionnement du rumen et efficience alimentaire, avec des perspectives pour la sélection des ovins. Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes : Exploration des données Réaliser les analyses statistiques descriptives avec R.  Exploiter les données individuelles de consommation et de poids recueillies pendant 12 semaines avec deux régimes alimentaires.  Explorer les données de métabolome ruminal (et éventuellement de microbiote ruminal).  Interpréter les résultats dans un dispositif contrasté d’efficience alimentaire.  Analyse génétique et statistique Estimer l’héritabilité des métabolites ruminaux mesurés par résonance magnétique nucléaire.  Analyser les corrélations génétiques entre les métabolites et les caractères d’efficience alimentaire.  Comparer les résultats selon deux régimes alimentaires : concentré et fourrage.  Rechercher des régions du génome associées aux métabolites héritables et à l’efficacité alimentaire.  Selon l’avancée du stage, vous pourrez participer à une campagne d’échantillonnage et visiter les sites expérimentaux.