Ingénieur en bio-informatique

APPUI - Informatique - E2C45 - Ingénieur-e en ingénierie logicielle Ingénieur en bio-informatique H/F Institut français de recherche scientifique internationale, l’IRD contribue à renforcer la résilience des sociétés face aux bouleversements globaux. Il est présent dans plus de 50 pays d’Afrique, d’Amérique latine, d’Asie et du Pacifique, ainsi qu’en France hexagonale et dans les Outre-mer.Ses activités de recherche répondent de manière concrète à des besoins prioritaires : atténuation et adaptation aux changements climatiques, lutte contre la pauvreté et les inégalités, préservation de la biodiversité, accès aux soins, prise en compte des dynamiques sociales. Les questions de recherche sont élaborées avec les acteurs de terrain et les populations locales. Les équipes croisent les regards, les disciplines et les connaissances à travers des partenariats de long terme pour construire des solutions robustes et à fort impact. L’IRD défend une recherche qui bénéficie au plus grand nombre. Il partage les résultats de ses projets et met la science au service de l’action. Il accompagne ainsi la transformation des sociétés vers des modèles sociaux, économiques et écologiques plus justes et durables. L’unité de recherche DIADE (DIversité, Adaptation et DEveloppement des plantes tropicales ; IRD-Univ. Montpellier-CIRAD) étudie la biodiversité végétale, les mécanismes d’adaptation des plantes et de leurs interactions avec l’environnement, explore les mécanismes de développement des plantes pour élaborer de nouveaux phénotypes qui sont nécessaires dans un contexte de changement climatique. Les équipes de l’unité développent pour cela une continuité d’approches, d’outils et de méthodes : analyse du génome, biochimie, physiologie, microscopie, modélisation, intégration des données. L’unité s’intéresse particulièrement aux plantes des régions tropicales, celles-ci étant les régions où les défis actuels sont les plus importants : zone de biodiversité exceptionnelle, de forte croissance démographique, de pression soutenue sur l’environnement et de demande accrue en production végétale. L’unité développe ses recherches avec une implantation principale à Montpellier, et des activités de terrain en Afrique, Amérique Centrale et du Sud, et en Asie. Dans le cadre du PEPR Agroécologie et Numérique, ce projet offre une opportunité de recherche en génomique de l’adaptation et d’étude de l’évolution associé aux climats.Sous la responsabilité du directeur d’unité, votre mission sera de participer à comprendre l’adaptation des plantes et des mélanges de plantes aux variations du climats en utilisant des données génomiques et climatiques pour accompagner la transition agroécologique.Dans ce cadre vos activités seront les suivantes :Développer des outils bio-informatiques pour analyser l’adaptation des plantes aux variations du climat et des climats futurs. L’approche sera basée sur l’utilisation de méthodes innovantes pour pouvoir interroger des données issues d’analyse de pangénome/pan-graphe.Construire des briques logicielles pour ces analyses et les intégrer dans un outil existant, Valider l’intégration et le développement de scripts en analysant des jeux de données sur différents modèles végétaux et proposer des tutoriels et la formation pour leur utilisation.Développer des outils bio-informatiques pour prendre en compte l’incertitude des séquences ADN (contamination, faible profondeur, type de donnée, repeats) due à l’ADN ancien (dommages post-mortem et fragmentation importante) dans l’analyse bio-informatique de la diversité et de l’association au climat. Votre future équipeVous intégrerez l’équipe Dynadiv au sein de l’UMR DIADE à Montpellier. Le projet est fortement collaboratif et implique des échanges réguliers avec des chercheurs de différentes unités de recherche (AGAP, GDEC) et instituts (INRAE, CIRAD, MNHN). Vous avez développé les compétences suivantes :Maîtrise des systèmes UNIX et expérience en manipulation de données sur HPC, connaissances en contenerisation (Docker, apptainner).Maîtrise du langage de programmation Python et R, et si possible notion dans un des autres langages tels que C.Connaissances en biologie et analyse de données de séquençage.Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :Autonomie et rigueur.Capacité de travail en équipe.Capacité à gérer des interactions avec de multiples chercheurs. Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 7, ingénieur et/ou Master avec une expérience en bio-informatiqueL’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité.L’IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires. En rejoignant l’IRD, vous bénéficierez :De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire).Une restauration colle