A1A41 - Ingénieur-e biologiste en analyse de données

SCIENCE - BAP A : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement - A1A41 - Ingénieur-e biologiste en analyse de données Ingénieur de Recherche A1A41 - Ingénieur-e biologiste en analyse de données H/F Institut français de recherche scientifique internationale, l’IRD contribue à renforcer la résilience des sociétés face aux bouleversements globaux. Il est présent dans plus de 50 pays d’Afrique, d’Amérique latine, d’Asie et du Pacifique, ainsi qu’en France hexagonale et dans les Outre-mer.Ses activités de recherche répondent de manière concrète à des besoins prioritaires : atténuation et adaptation aux changements climatiques, lutte contre la pauvreté et les inégalités, préservation de la biodiversité, accès aux soins, prise en compte des dynamiques sociales. Les questions de recherche sont élaborées avec les acteurs de terrain et les populations locales. Les équipes croisent les regards, les disciplines et les connaissances à travers des partenariats de long terme pour construire des solutions robustes et à fort impact.L’IRD défend une recherche qui bénéficie au plus grand nombre. Il partage les résultats de ses projets et met la science au service de l’action. Il accompagne ainsi la transformation des sociétés vers des modèles sociaux, économiques et écologiques plus justes et durables. L'Unité Mixte de Recherche PIMIT (Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical) est une unité de recherche pluridisciplinaire reconnue pour ses travaux sur les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes en contexte insulaire tropical. Ses recherches portent sur les interactions entre les agents infectieux, leurs hôtes, les vecteurs et leur environnement, en mobilisant des approches intégrées en virologie, bactériologie, parasitologie, immunologie, entomologie médicale, biologie moléculaire, génomique et écologie de la santé.Dans le cadre du projet européen TIGRUN, financé par le FEDER 2021-2027, l'unité développe des recherches innovantes visant à décrypter les mécanismes moléculaires, les facteurs environnementaux et microbiotiques qui contrôlent la transmission des quatre sérotypes du virus de la dengue par Aedes albopictus à La Réunion.Le projet s'appuie sur des infrastructures de pointe comprenant des laboratoires de niveaux de biosécurité BSL2 et BSL3, un insectarium confiné de niveau I3, des plateformes de biologie moléculaire ainsi que des collaborations nationales et internationales de haut niveau dans les domaines de la virologie, de la transcriptomique, de la métagénomique et de la bio-informatique. Vous rejoindrez une équipe de recherche dynamique impliquée dans un projet européen visant à comprendre comment les caractéristiques moléculaires du moustique tigre, son microbiote et les conditions environnementales locales influencent sa capacité à transmettre les quatre sérotypes du virus de la dengue. Vous jouerez un rôle central dans l’analyse, l’intégration des données transcriptomiques et métagénomiques produites dans le cadre des différentes actions du projet TIGRUN. Ces données seront issues de plusieurs tissus du moustique, de différents temps post-infection, des quatre sérotypes du virus de la dengue et de populations naturelles provenant de plusieurs zones microclimatiques de La Réunion. Vos principales missions: -Concevoir, développer, optimiser et documenter des pipelines bioinformatiques reproductibles pour l’analyse de données de séquençage à haut débit Assurer le contrôle qualité, le prétraitement, l’alignement, la quantification et l’analyse statistique des données transcriptomiques issues des différents tissus et conditions expérimentales Conduire les analyses d’expression différentielle et contribuer à l’identification de signatures moléculaires, de voies biologiques et de réseaux de gènes associés à l’infection par les différents sérotypes du virus de la dengue Analyser les données de métagénomique shotgun afin de caractériser la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes associés aux populations naturelles d’Aedes albopictus Réaliser des analyses comparatives permettant d’étudier les variations du microbiote entre les localités, les conditions environnementales et les modalités de collecte des moustiques Intégrer les données transcriptomiques et métagénomiques aux métadonnées expérimentales, environnementales et entomologiques, notamment les tissus étudiés, les sérotypes viraux, les temps post-infection, les microclimats et les niveaux de compétence vectorielle Contribuer à l’interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les différents membres et partenaires scientifiques du projet Assurer la structuration, la documentation, la traçabilité et la gestion des données produites, dans le respect des principes de reproductibilité et de science ouverte ; Développer et maintenir un site web interactif destiné à la consultation et à la visualisation des données transcriptomiques et métagénomiques du projet par la communauté scientifiqueContribuer à l