Coévolution du cheval domestique et de ses pathogènes : de l'âge d'or du cheval de travail à son déclin

Le cheval est l'animal qui a le plus profondément marqué l'histoire, en révolutionnant la mobilité humaine, le commerce et la guerre depuis l'Âge du Bronze jusqu'à l'avènement des moteurs à combustion. Les chevaux sont restés des atouts essentiels jusque dans l'époque moderne, alimentant le transport urbain et les cavaleries militaires jusqu'à la Seconde Guerre mondiale. Aujourd'hui, cependant leur population mondiale s'est réduite à environ 58 millions d'individus, et ils restent principalement relégués aux loisirs et au sport dans le monde occidental. Ce bouleversement reflète un double processus : d'une part, l'émergence de lignées modernes, avec plus de 400 lignées apparues depuis le XVIIIe siècle, motivées par la quête de morphotypes idéalisés, et d'autre part, le déclin des chevaux de travail à partir des années 1950. Cette transition — marquant le passage d'un Âge d'or de la diversité à un Âge où les animaux sont réduits à des rôles récréatifs — offre une perspective unique pour étudier comment des changements sociétaux rapides peuvent façonner la biologie d'une espèce aussi profondément liée à l'histoire humaine. Aussi surprenant que cela puisse paraître, notre compréhension de cette période charnière et de ses effets sur la biologie et la santé des chevaux reste extrêmement limitée. Trois questions principales subsistent : 1. Perte de diversité : Quelle diversité génétique a été perdue (et dans quelles lignées) lors du déclin des chevaux induit par la mécanisation, et quelle part du patrimoine génétique qui existait au début du XXe siècle subsiste encore dans les populations actuelles ? 2. Changements génétiques : Quels changements génétiques ont été sélectionnés pour conduire à l'émergence de nouvelles variétés d'élevage, et quelles conséquences ont-ils eu sur les morphotypes, la performance et l'immunité ? 3. Dynamique des pathogènes : Comment les pathogènes ont-ils répondu aux changements de leur hôte, et quel a été l'impact d'un élevage intensifié, du transport et des soins vétérinaires sur les réseaux de transmission, la diversité des pathogènes et leurs paysages adaptatifs ? Les avancées récentes en génomique permettent désormais de reconstituer des génomes complets de chevaux et de leurs pathogènes, à partir des véritables archives historiques que constituent les collections de musées, vétérinaires et médicales. En appliquant des techniques paléogénomiques de pointe à une collection vétérinaire unique de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) couvrant le XXe siècle, ce projet produira la première série temporelle de génomes pour des hôtes et leurs pathogènes dans un modèle non humain. Il documentera un siècle de changements co-évolutifs, positionnant le cheval comme un modèle pour explorer comment les changements induits par les sociétés humaines se répercutent dans les écosystèmes. Les résultats auront des implications majeures pour la conservation, la surveillance des maladies et la gestion durable des espèces à l'heure où le monde subit des changements intenses et particulièrement rapides. Au-delà de l'avancée de notre compréhension de l'évolution équine, ce projet illustrera la valeur fondamentale du concept One Health, soulignant l'interconnexion entre la santé humaine, animale et environnementale. Ce projet sera accueilli au Centre d'Anthropobiologie et de Génomique de Toulouse (CAGT) et co-encadré par le Pr Ludovic Orlando (CAGT) et le Pr Sébastien Calvignac-Spencer (Institut Helmholtz pour One Health, Greifswald, Allemagne), deux experts internationalement reconnus en paléogénomique équine et en évolution des pathogènes. École doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies Direction : Ludovic ORLANDO Financement : MSCA COFUND BEST