Détection précoce de pathogènes zoonotiques dans les élevages avicoles familiaux (backyard poultry) : évaluation comparée d'approches de surveillance One Health en France et aux États-Unis

Les élevages avicoles familiaux (« backyard poultry ») connaissent un essor marqué en zones urbaines et péri-urbaines, en France comme aux États-Unis. Ils contribuent au bien-être des ménages en fournissant des protéines animales de qualité, en favorisant la circularité par le recyclage des biodéchets, et en jouant le rôle d'animaux de compagnie, notamment pour des personnes isolées. Ce potentiel est toutefois conditionné par la maîtrise du risque sanitaire : ces élevages sont exposés à des pathogènes zoonotiques (Salmonella, Campylobacter, influenza aviaire, virus de Newcastle) dont la surveillance reste largement lacunaire dans les structures de petite taille. Ce projet doctoral, adossé à une collaboration établie entre l'INRAE et l'University of Florida, vise à évaluer et comparer des approches innovantes de surveillance One Health (surveillance environnementale, xénosurveillance, diagnostic moléculaire, analyse spatiale) pour la détection précoce de pathogènes zoonotiques dans les élevages avicoles familiaux, dans deux systèmes agricoles et paysages de risque contrastés. Le travail combinera échantillonnage de terrain, diagnostic moléculaire, analyse de données écologiques et spatiales, et comparaison structurée entre sites français et américains. Il doit permettre de proposer un cadre de surveillance One Health transférable, utile à la préparation des épidémies et au renforcement de la sécurité sanitaire des filières avicoles familiales, tout en formant la doctorante ou le doctorant à une recherche interdisciplinaire (biologie moléculaire, bio-informatique, épidémiologie de terrain, sciences des données) et à la mobilité scientifique internationale. École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Direction : Sébastien SOUBIES Financement : MSCA COFUND BEST