Réensauvagement du microbiote intestinal du porc :microbes dérivés du sanglier en tant que synbiotiques à base de fibres comme modèle pour la santé humaine

Contexte. La domestication, l'élevage en bâtiment, les régimes céréaliers hautement digestibles, l'hygiène et l'exposition aux antimicrobiens ont progressivement modifié le microbiote intestinal du porc. Le catalogue métagénomique mondial du microbiote fécal de sanglier (Heng et al., 2026, Microbiome 14:142) met en évidence des taxons nouveaux et des dégradeurs de glucides qui distinguent Sus sauvage de Sus domestique. Chez la souris, Sonnenburg et al. (2016) ont montré qu'un régime pauvre en fibres provoque la perte progressive de taxons et qu'après quatre générations seulement ces pertes deviennent largement irréversibles : réintroduire des fibres ne suffit plus, il faut réintroduire les organismes manquants. C'est l'hypothèse de travail de REWILD : on ne restaurera pas une fonction fermentaire en donnant davantage de fibres à une communauté qui n'héberge plus les micro-organismes capables de les dégrader. Objectifs. Le projet vise à (1) cartographier les fonctions appauvries chez le porc d'élevage par comparaison avec le sanglier ; (2) isoler les souches correspondantes à partir de la banque fécale de sangliers de Singapour, en utilisant le catalogue génomique pour concevoir les enrichissements ; (3) encapsuler les souches retenues et vérifier le maintien de leur phénotype fermentaire ; (4) cribler in vitro les combinaisons souche x fibre de coproduit, sous forme encapsulée ou libre ; (5) identifier les mécanismes écologiques en jeu et préparer un passage in vivo. Méthodes. La phase française repose sur un système de fermentation in vitro couplé à une digestion préalable : le substrat subit d'abord une digestion enzymatique en deux étapes (pepsine à pH gastrique, puis pancréatine à pH intestinal, protocole adapté de Jha) ; la fraction soluble digestible par l'hôte est écartée et seule la fraction insoluble qui atteindrait réellement le gros intestin est offerte à l'inoculum microbien. La fermentation est conduite en flacons anaérobies scellés à 39 degrés C, avec suivi des cinétiques gazeuses par pression, composition des gaz (H2, CO2, CH4) par micro-GC, acides gras à chaîne courte par HPLC et GC, et séquençage 16S des communautés en fin de fermentation. Le fonctionnement en dizaines à centaines de flacons en parallèle rend réaliste un criblage combinatoire dans le temps d'une thèse. Ce dispositif est déjà validé face à des phénotypes in vivo : chez des porcs sélectionnés de façon divergente sur la consommation moyenne journalière résiduelle, la fermentation de la fraction insoluble a montré chez les animaux efficaces une production accrue d'acétate (+15 pourcent) et de propionate (+56 pourcent), un propionate attribué principalement à Prevotella et Lactobacillus, et fortement corrélé à l'épaisseur de lard dorsal (rho = 0,80) (Zemb et al., hal-05322317). Organisation. La thèse se déroulera sur 36 mois : douze mois à Singapour (NUS/SCELSE, équipe de Yann Boucher) pour l'analyse comparative et l'isolement anaérobie ; douze mois à Toulouse (INRAE GenPhySE, équipe PILOTE) pour l'encapsulation et le criblage fonctionnel ; six mois de marge permettant la consolidation et, si possible, un pilote in vivo ; six mois de rédaction. Ce passage in vivo est crédible, l'équipe française ayant déjà montré qu'une inoculation microbienne précoce chez le porcelet oriente durablement son microbiote, avec des effets encore détectables après le sevrage (Achard et al., 2020). Retombées. Le porc étant un modèle physiologique pertinent pour l'intestin humain, le produit visé — une fibre issue de coproduits agro-industriels associée à un probiotique sauvage encapsulé sélectionné pour la fermenter — est transposable de la santé animale à la nutrition humaine, dans une logique d'économie circulaire. Le partenariat est indissociable : Singapour détient la ressource sangliers et le savoir-faire d'isolement, Toulouse le système de criblage validé à haut débit. École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Direction : Olivier ZEMB Financement : MSCA COFUND BEST